Используем утилиту DiskPart

Запускаем утилиту:

diskpart

Получаем список подключенных накопителей:

list disk

В списке накопителей найдите свою флешку, нам понадобится ее номер N. Не перепутайте с другими накопителями (в результате описанных действий данные будут удалены):

select disk N

Удаляем все разделы на флешке. Можно удалять их и по одному с помощью list partition, select partition и delete partition):

clean

С этого момента на USB нет разделов, и вы можете его отформатировать стандартными средствами Windows, получив в результате один основной раздел. Но можно продолжить использовать DISKPART, все команды ниже создают один активный раздел и форматируют его в FAT32 или NTFS:

create partition primary
select partition 1
active

Форматируем в FAT32:

format fs=fat32 quick

Форматируем в NTFS:

format fs=ntfs quick

assign
exit

Все, теперь на флешке один раздел и нужная нам файловая система.